Священный Синод Иерархии является высшим органом управления Элладской Православной Церкви. В него входят все епархиальные иерархи Цекрви и не входят титулярные епископы, то есть такие, которые не имеют паствы. В его компетенцию входит:
- забота о сохранении чистоты догматического учения Православной Церкви, соблюдение канонического порядка и священных преданий, созидающих единство церковного тела в общении веры и союзе любви
- подтверждение наличия общения между Элладской Православной Церковью и Вселенским Патриархатом, а также другими Помесными Православными Церквами
- определение критериев отношений с остальным христианским миром
- высший контроль и проверка за деяниями Постоянного Священного Синода, за действиями архиереев и всех органов церковного управления
- издание правил и законоположений для внутренней организации и управления Элладской Церковью
- избрание архиепископа Афинского и архиереев Элладской Православной Церкви
- наложение отлучения от Церкви и предание анафеме при наличии 2/3 голосов членов Синода Иерархии
- применение церковной икономии в решении серьезных вопросов общего характера, при наличии простого большинства голосов
- рассмотрение прошений о пересмотре окончательных судебных приговоров Синодального суда второй ступени касательно клириков