Епископ Афанасий часто бывает в Косово и Метохии, особенно после размещения там междуродных сил ООН в июне 1999. Помогает правящему архиерею, встречается с представителями международных сил. Одновременно продолжает научную работу. Епископ Афанасий участвовал во многих научных конференциях, посвященных истории Церкви, философии, богословию и христианской культуре. Вышло в свет более десяти его книг.
