В 1978 году принял Православие в храме Казанской иконы Божией Матери Московского Патриархата в Сан-Диего, когда был студентом.
По окончании Калифорнийского университета в г. Санта-Круз, учился в Свято-Владимирской семинарии в Крествуде (штат Нью-Йорк), закончив её в 1985 году со степенью кандидат богословия (Master of Divinity); а в 1988 году получил степень магистра богословия (Master of Theology) в области догматики. Впоследствии учился в докторантуре в г. Беркли, Калифорния, однако прервал обучение, чтобы посвятить себя монашеской жизни, для чего отправился в СССР.
В Москве, где сотрудничал с Издательским отделом Московского Патриархата, работая для издания «Русский Паломник» и знакомился с жизнью Русской Церкви, особенно монастырской. Его духовным отцом стал наместник Валаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев) (с 2 июня 2005 года - епископ Троицкий). Благословение на монашество будущий предстоятель Православной Церкви в Америке получил от известного духовника архимандрита Кирилла (Павлова).
В 1994 года он был рукоположен во диакона; затем во пресвитера, а в 1995 году пострижен в монашество с именем Иона в Свято-Тихоновском монастыре в городе Саут-Кейнан (штат Пенсильвания).
Вернувшись в Калифорнию, отец Иона служил во многих миссиях, а затем, по обету, основал монастырь в честь святителя Иоанна Шанхайского. Отличился как миссионер, благодаря трудам которого появились православные миссии в шести городах Калифорнии, и одном городе Иллинойса.
Весной 2008 г. отец Иона был возведён в сан архимандрита. 4 сентября 2008 года он был избран епископом на внеочередном заседании Священного Архиерейского Синода Православной Церкви в Америке. 1 ноября 2008 года в Свято-Серафимовском соборе в Далласе (штат Техас) был хиротонисан во епископа Форт-Уортского, викария Южной епархии Православной Церкви в Америке.
Хиротонию совершили Местоблюститель Митрополичьего престола архиепископ Далласа и Юга США Димитрий, епископ Филадельфийский и Восточно-Пенсильванский Тихон, епископ Сан-Франциско и Запада США Вениамин и епископ Мехико Алексий, глава Мексиканского экзархата ПЦА.
12 ноября 2008 года на XV Всеамериканском Соборе в Питтсбурге, штат Пенсильвания, был избран Архиепископом Вашингтонским и Нью-Йоркским, Митрополитом всей Америки и Канады; был торжественно возведён на первосвятительскую кафедру Священным Архиерейским Синодом Православной Церкви в Америке 28 декабря 2008 года в Свято-Николаевском соборе в Вашингтоне.
7 июля 2012 г. Священный синод Православной Церкви в Америке принял решение об отстранении митрополита Ионы с поста предстоятеля Американской Православной Церкви. Проживает на покое в г.Вашингтоне, округ Колумбия.