Монтиране судске процесе и државни прогон на верској основи против архиепископа Јована судови у Републици Македонији и расколничка МПЦ започели су пре десет година само због различитих верских убеђења Архиепископа Јована, због чега је од стране угледне организације Amnesty International, још 2005. године био проглашен за “затвореника савести”.
Приликом најновијег хапшења, 17. фебруара 2012. године, после нешто више од два месеца проведена у затвору Идризово, архиепископ Јован је пребачен у истражни затвор Шутка, где му је одређен једномесечни притвор.
Очекивало се да ће захтев за ослобађање из притвора бити усвојен јер, сагласно закону, за дело за које је оптужен није предвиђена мера притвора и да ће архиепископ Јован имати могућност да се брани са слободе, на инсистирање расколничке МПЦ, која је и покренула поменути судски спор, у последњем тренутку, 17. марта 2012. године, телефаксом је затвору Шутка достављен акт да је архиепископу Јовану продужен притвор за још месец дана, дакле до после Васкрса, до 17. априла 2012. године.
Од правних саветника, који су по службеној дужности имали могућности да га посете, додуше само једном, дознајемо да су архиепископу Јовану извађене пертле са ципела, да је са саветницима могао да разговара само преко заштитног стакла, да нема никакве могућности да прима посете блиских људи, да је лишен могућности благовремене бриге о његовом здравственом стању и примању лекова, да је велики део посне хране, упућен њему за време поста, враћен, да не дозвољава да му буде однето свето Причешће...
И поред свега тога, архиепископ Јован је пун наде и животне радости и припадницима Православне Охридске Архиепископије упућује свој архипастирски благослов.
Међународна заједница годинама уназад, преко својих извештаја (последњи пут, 15. марта 2012, године, то је учинио и комесар за проширење Европске Уније, г. Штефан Филе), указује македонским владама на суштински недостатак, који удаљава македонско друштво од цивилизованих демократија. Несумњиво, реч је о одсуству владавине права и корумпираности судова.
Управо то, пословично корумпирано судство, у политички монтираним процесима, током последњих десет година, по шести пут шаље у тамницу архиепископа Јована и упорно одбија да региструје Православну Охридску Архиепископију. Најновије продужавање притвора архиепископу Јовану само је још једна у низу потврда да власти у Републици Македонији не само да не поштују верске слободе свих грађана подједнако већ, уместо да изналазе решења за грубо угрожавање верских слобода, додатно продукују проблеме и изазивају нестабилност.