Ради обезбеђења његовог присуства на судском процесу, архиепископу Јовану je 17. фебруара 2012. године био одређен притвор у затвору Шутка, премда за дело за које му се суди закон Републике Македоније не предвиђа меру притворa.
Његово Блаженство Архиепископ охридски и Митрополит скопски г. др Јован био је спроведен у Основни суд у Велесу са лисицама на рукама. На почетку поступка, г. Васко Георгиев, адвокат архиепископа Јована, изнео је чињеницу да суд уопште није упутио позив за суђење архиепископу Јовану и затражио је одлагање судског процеса како би архиепископ Јован сазнао када ће бити заказано следеће суђење да би имао времена да припреми своју одбрану. Неупућивање позива архиепископу Јовану од стране суда представља тенденциозан поступак будући да то подразумева довођење на суђење, а да притом оптуженом не буде пружена могућност да припреми своју одбрану.
Имајући у виду извештаје међународне заједнице, где се наводи да су македонски судови подложни политичким притисцима и корупцији и да је реформа судства први услов за улазак Републике Македоније у Европску Унију, пред домаћом и међународном јавношћу изражавамо страховање да ће судски процес против архиепископа Јована и даље бити политички монтирано суђење. У прилог реченом упућујемо на чињеницу да је за ову оптужбу од стране расколничке МПЦ архиепископ Јован већ једном био осуђен од македонских судова, али да је управо за исти тај процес од стране Апелационог суда земље чланице Европске Уније, Републике Бугарске, био ослобођен са образложењем да „суђење и финансијске малверзације за које оптужују архиепископа Јована не представљају ништа друго осим политички монтирани процес на верској основи”.