Многие годы преподобный Иоанн путешествовал по монастырям и пустыням Палестины и Египта. Тщательно наблюдал он за монастырским бытом и внутренним устройством, беседовал со старцами-подвижниками о духовном делании. Когда на египетские монастыри обрушились смуты и преследования, преподобный Иоанн отправился в Константинополь. В скором времени Иоанн Златоуст рукоположил его в сан диакона.
Когда же Златоуст был отправлен в свою вторую, и последнюю, ссылку, диакон Иоанн Кассиан и его друг пресвитер Герман поспешили в Рим с ходатайством за Константинопольского святителя.
Преподобный Иоанн Кассиан не стал возвращаться в Константинополь, но отправился в город Массилий (нынешний Марсель на юге Франции). Его творения, в которых он излагает опыт монашеской жизни, полученный им в монастырях Востока, легли в основу Уставов монастырей Галлии.