Труды настоятельские
В 1862 г. наместником Оптиной пустыни был избран отец Исаакий.
Первые дни начальства были тяжелым испытанием для преподобного Исаакия и послужили к утверждению его веры в Промысл Божий о святой обители. Приходилось ему нередко плакать о больших недостатках средств в обители и невозможности содержать братию, но вдруг известие об уплате долгов ее и еще о завещании одного благочестивого жертвователя в ее пользу пятнадцати тысяч рублей рассеяли его печаль и убедили в действенности над святой обителью Промысла Божия.
Прежде всего отец Исаакий занялся достройкой не оконченного при его предшественнике старце Моисее храма во имя Всех Святых, что на новом кладбище. Затем, в конце шестидесятых годов, он в Казанском соборе вновь устроил иконостас, а в Введенском соборе перестроил старый и сделал новые полы, не каменные, но деревянные. Вся стенная живопись в обоих храмах, как и в верхних ярусах обоих иконостасов, была обновлена.
В 1874 г. по совету старца Амвросия игумен Исаакий обратил внимание на книжную лавку. На пожертвованные в обитель деньги озаботился обеспечить ее строевым лесом и топливом. Для содержания рогатого скота и лошадей игумен разработал болотистую почву по реке Жиздре. Преподобный Исаакий озаботился постройкой водопровода и здания новой гостиницы, булочной, настоятельской и братской кухни, прачечной, переделаны были скотный двор и старые гостиницы по обеим сторонам Святых врат. С 1865 г. началось производство своих свечей, разводились в обители сады и огороды. Был приобретен большой колокол в семьсот пятьдесят пудов.