Апокриф принадлежит к апокалиптическому жанру видений, чудесных восхождений на небеса и путешествий в иной мир. Главной темой апокрифа является благодатная связь православного монастыря со святынями Палестины и райским садом (Древнерусская космология, СПб, 2004). Как известно, в православном богослужении знаменуются некоторые важнейшие места земли обетованной, где как в раю происходит таинственное соприкосновение земного и небесного (Лев Лебедев, Богословие Русской земли как образа обетованной земли Царства Небесного, Тысячелетие Крещения Руси: Международная церковная конференция "Богословие и духовность", Москва, 11–16 мая 1987 года, М., 1989).
Основав церковь Всемилостивого Спаса и монастырь, игумен Агапий молится Богу, прося открыть ему, что значит монашеское служение и чего ради монахи оставляют мир? Откликаясь на молитву Агапия, Господь разрешает ему покинуть монастырь и отправиться в паломничество. Хотя откровение о рае не обозначено в качестве главной цели молитвы и путешествия Агапия, Господь напоминает вопрошающему о том, насколько жизнь монахов в монастыре близка к жизни первых людей в раю. Спаситель также указывает на опасность бурных волн житейского моря вне монастыря. На берегу моря Христос явился Агапию в образе ребенка, управляющего кораблем (корабль – символ храма и Церкви). Ребенок сказал Агапию: «Здоров ли ты Агапий? Что делаешь здесь в заливах морских? Не знаешь ли, что звери здесь водятся лютые и съедят они тебя, Агапий?». Агапий же ответил малому ребенку: «Кто ты, скажи мне, или откуда знаешь меня?». Малый же ребенок сказал: «Агапий, а ты не знаешь ли Меня? Не Я ли близ монастыря был в соседях твоих? Там же Отец Мой был. И братья Мои – не все ли учатся у тебя в монастыре твоем?». Соседство Отца и Сына с монастырем означает, что монастырская жизнь непосредственно приближает подвижников к райскому общению с Богом, а исполняющие волю Божию монахи являются братьями Христа (Мф 12. 50).
Малый же ребенок спросил у Агапия: «Что твой путь? Куда хочешь идти?». Агапий ответил: «Не знаю, как имя назову месту тому, куда хочу идти. Господь мой Бог – путь мой есть». Испытав духовные мотивы поисков Агапия, Христос пригласил Агапия пересечь море на корабле. Он велел Агапию немного поспать. Когда Агапий уснул, «велел ребенок великим мужам, взяв Агапия, перенести через море. Положили Агапия на землю мужи те и невидимы стали».
Перенесенный ангелами в преддверие райского сада, Агапий созерцает «славу, воссылаемую Богу на седьмом небе». Текстом задается установка воспринимать чувственные реалии повествования как прообраз того, что происходит в духовном мире. Среди обильно плодоносящих деревьев, птиц и цветов Агапий видит Господа Иисуса Христа и апостолов, херувимов и серафимов. Пройдя путь от преддверия к алтарю, внутри Небесного Иерусалима «увидел он свет, в семь раз земного света светлее». Агапий описывает крест высотой до неба и райский источник. По другой версии апокрифа, в городе «стоял образ Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, велик и чуден». В центре Святого Святых – виноград и трапеза с райским хлебом. Стены и кельи Небесного Иерусалима украшены драгоценными камнями.
Не случайно в Откровении Иоанна Богослова райский алтарь называется «Иерусалимом», хотя и «Новым», «сходящим от Бога с неба» (Откр 21. 2). Ведь святыни земного Иерусалима соответствуют Небесным архетипам. Чудесное «хождение Агапия по местам Господа» завершается паломничеством в святой град Иерусалим, где Агапий исцелил райским хлебом (причастием) множество больных. Различные версии апокрифа подчеркивают, что именно Иерусалимский Патриарх передал всей Церкви «Слово святого отца нашего Агапия о человеке, который оставляет дом свой, берет крест и идет за Христом, как велит Святое Евангелие».
Увиденное Агапием устройство Небесного Иерусалима указывает на тождество рая с православным монастырем. По возвращении из рая тайнозритель поселился в монастыре, причем описание монастыря буквально дублирует описание Небесного Иерусалима (море, высокие стены, вход, келья, постель): «И сказал ангел Агапию: «Иди вдоль моря и найдешь место, уготованное тебе. Там обоснуйся и напиши о своем видении, о том, что видел, проходя по местам Господа». Агапий же шел около моря много дней, и нашел стены высокие на море, и, подойдя к ним, увидел двери в стенах. Когда же вошел внутрь и поднялся вверх по ступенькам, то увидел горницу, устроенную в стенах тех, и кровать в ней, и постелю на кровати». Заключительная фраза апокрифа о блаженной кончине Агапия в монастырском затворничестве прямо называет православный монастырь раем: «Блаженный же Агапий в горнице той пребывал сорок лет, питаясь одним куском хлеба, который дал ему пророк Илия. В раю закончил Агапий жизнь свою, отдал душу свою Господу, славя Пречистую Троицу, Отца и Сына и Святого Духа, и всегда и во веки веков. Аминь».
В комментариях к тексту «Хождения Агапия в рай» В.В. Мильков отмечает: «Хождение в рай следует понимать не в прямом смысле, а аллегорически – как достижение райской жизни на строгом пути монашеской аскезы. Выразительные подробности почти беллетристического повествования о хождении в рай воспринимаются как метафора монашеского подвижничества, особого пути служения Господу. В соответствии с такого рода мистико-аскетической символикой рай оказывался символом монастыря. Повествование подчеркивает, что подвижник закончил жизнь свою «в раю». С помощью этой ключевой фразы обнажается идейно-смысловой подтекст всего апокрифа, понять который по-другому в свете такого финального завершения попросту невозможно. Аллегорический рай оказывается однозначно тождественным земному раю-монастырю. Система иносказаний обрела здесь свое завершение» (В.В. Мильков, Древнерусские апокрифы, СПб, 1999).