На годы отрочества будущего святителя Иоанна пришлось правление императора Юлиана Отступника, предпринявшего последнюю, отчаянную попытку уничтожить христианство и возродить язычество. Получив в юности христианское воспитание, Юлиан сознавал, что кровь мучеников лишь воодушевляет Церковь и служит к ее укреплению. Поэтому его борьба с христианством носила более изощренный характер. Христиане были вытеснены изо всех основных сфер общественной жизни, они подвергались издевательствам и притеснениям.
Однако увиденное императором Юлианом в Антиохии побудило его обратиться к неприкрытой жестокости. Некогда популярный культ Аполлона в Дафне пребывает в полном запустении, тогда как находящийся неподалеку христианский храм полон христианами, притекающими к покоящимся там мощам священномученика Вавилы. Как заявили жрецы, оракул Аполлона отказался вещать, пока рядом с капищем будет воздаваться честь святому мученику, и император приказал убрать мощи из святого храма. Но, как вспоминал об этом событии Иоанн Златоуст: «Кости мученика перенести возможно, но рук мученика избежать нельзя». Когда гроб с мощами был торжественно перенесен христианами, молния ударила в капище Аполлона и спалила его дотла.