Шел 1950 год. Близилось окончание Академии. Уже была написана кандидатская работа по истории Русской Церкви на тему: «Преподобный Серафим, Саровский чудотворец, и его значение для русской религиозно-нравственной жизни того времени», получившая теплое одобрение патриарха Алексия I. Но защитить ее отец Иоанн не успел.
Ночью с 29 на 30 апреля в его комнате в Большом Козихинском переулке был произведен обыск, а отец Иоанн увезен на Лубянку. Арест не был для него неожиданностью, он давно чувствовал сгущающиеся над собой тучи.
На первом же допросе отца Иоанна познакомили с солидным делом, собранным на него и вопиющем о его инакомыслии. Доносы, провокации, клевета, составлявшие дело, должны были, по мнению следователя, заставить простодушного священника изменить свой взгляд на окружающую его среду и людей. Напористость и жесткость следователя разбивалась о молчаливую доброжелательность отца Иоанна. Во время следствия отец Иоанн получил для себя программу жизни на весь срок заключения: «Не верь, не бойся, не проси».
Два месяца батюшка провел на Лубянке. 1 июля
8 октября последовал приговор — семь лет лишения свободы в лагере строгого режима в Архангельской области, на разъезде Черная Речка.