Весной 1953 года милостью Божией заключенного Крестьянкина по состоянию здоровья и без его просьбы перевели на другое место, в инвалидное отдельное лагерное подразделение под Самарой, называемое Гавриловой Поляной. Этот период заключения, продлившийся с 1953 по 1955 год, был намного легче предыдущего. Его определили на работу по гражданской специальности, бухгалтером. И здесь его изредка навещали духовные чада, утешая главным: они умудрялись тайно передать батюшке Святые Дары, и он причащался. Это преобразило жизнь.
Для отца Иоанна и в заключении, и на этапах испытания его верности Христу не было врагов, не было людей, повинных в этих пяти годах в неволе. Все совершалось по Промыслу Божию, все была милость и истина путей Господних. Освобождение пришло неожиданно, досрочно, в день Сретения Господня 15 февраля 1955 года. Срок сократили на два года. Начальник, принявший от батюшки крещение, прощаясь с ним за руку, сказал ему знаменательные слова: «Ошибка, стоившая вам так дорого, в том, что не вы шли за народом, а вели его за собой». И эту «ошибку» батюшка не исправил ни разу в жизни.
Батюшка возвратился в Москву, но проживание в ней недавнему заключенному было запрещено. Отец Иоанн повидался с дорогими сердцу людьми и получил от митрополита Николая (Ярушевича) благословение на дальнейшее служение в Псковской епархии.