В начале XIX века Александрийскую патриаршую кафедру занимал Парфений II Панкостас (1788 – 1804 гг.), родом с острова Патмоса, бывший протосинкелл Константинопольской патриархии. Время его патриаршества пришлось на довольно трудную эпоху в жизни египетских христиан. Летом 1798 г. в Египет вторглась французская армия во главе с Наполеоном Бонапартом, которая 2 июля заняла Александрию, а через 5 дней, выиграв «сражение у пирамид», вступила в Каир. До сентября 1801 г. в стране установился оккупационный режим. Во время антифранцузских восстаний в Каире и Дамиетте толпы мусульман громили христианские кварталы, убивая их жителей. После ухода французских войск из Египта османские власти стремились не допустить волны погромов христиан; казни и конфискации имущества христиан, сотрудничавшей с французами, не носили массового характера. Однако, удержать порядок в стране не удалось и в 1801–1805 гг. Египет был охвачен гражданской смутой. Спасаясь от насилия, патриарх Парфений II в конце 1804 г. вынужден был бежать на Родос, где и скончался в 1805 г.
Преемником Парфения на патриаршем престоле стал его племянник Феофил III (1805 – 1825 гг.), родом с острова Патмос, митрополит Ливийский. Этот патриарх отличался высокой образованностью и известен своими многочисленными проповедями. Также как и его предшественники, Феофил III столкнулся прежде всего с материальными трудностями и нищенским положением Александрийского патриархата. Особенно обострилось экономическое положение с 1821 года, когда в Молдавии и Валахии были отняты принадлежавшие Александрийской Церкви имения. Почувствовав себя больным, Феофил в 1818 году уехал из Египта на родину и отсюда в течение семи лет управлял патриархатом, не желая возвращаться, хотя его не раз приглашали правительство и народ. В 1825 году хедив лишил его патриаршества. Феофил скончался в 1832 году в монастыре св. Апостола и евангелиста Иоанна Богослова на Патмосе.
Следующим патриархом был Иерофей I (1825 – 1845 гг.), прежде митрополит Никейский, возведенный на Александрийский престол в Константинополе. За время своего предстоятельства он не раз обращался с письмами к русскому императору Николаю I и Св. Синоду, с просьбой оказать помощь Александрийскому престолу, так как вопрос об александрийских монастырях и землях в дунайских княжествах по прежнему оставался нерешенным. На деньги, присланные из России, патриарх Иерофей отреставрировал полуразрушенные патриаршие храмы – св. Николая в Александрии и Пресвятой Богородицы в Каире, перестроил здания патриархии в этих городах, восстановил монастыри св. Георгия и св. Саввы, открыл греческо-арабское училище в Каире, восстановил принадлежавшие патриархии монастыри – Златарь в Бухаресте и св. Илии Ханку в Яссах. Скончался патриарх Иерофей в каирском монастыре св. Георгия, и был погребен в патриаршем храме св. Николая, вблизи могилы великого александрийского святителя св. Иоанна Милостивого.
Иерофей I перед смертью назначил своим преемником архимандрита и главного эпитропа патриархии Иерофея. Но Константинопольская Церковь хотела утвердить на Александрийском престоле Константинопольского митрополита Артемия. Однако александрийский клир и миряне были недовольны этим назначением и не признавали его законным патриархом, поэтому митрополит Артемий вынужден был отказаться от престола, который номинально занимал около двух лет с 1845 по 1847 гг.
После отказа Артемия от престола, предстоятелем Александрийской Церкви избрали Иерофея II (1847 – 1857 гг.), человека высоко образованного и чрезвычайно активного. Первоочередной его заботой стало назначение епископов на вдовствовавшие кафедры в Египте, назначение на должность иерокирикса известного греческого проповедника Никифора Гликаса, впоследствии митрополита Мемфимнского. Материальную помощь на нужды патриархата блаженнейший Иерофей получал в основном из России. В 1851 г. Иерофей II при посредничестве епископа Порфирия (Успенского) получил разрешение от императора на отправку в Россию епископа Фиваидского Никанора для сбора пожертвований. Ходатайствуя за Александрийского Патриарха, епископ Порфирий писал русскому консулу Луговскому, что Иерофей II привел в порядок патриаршую библиотеку в Каире, состоявшую из 1877 печатных греческих изданий и 287 рукописей, улучшил положение монастырей св. Саввы и вмч. Георгия, александрийской больницы, строит в Александрии Благовещенский храм (1847–1857) и намеревается построить женский пансион в Каире и храмы в Дамиетте, Розетте, Суэце и Фиваиде. Епископ Никанор провел в России много лет и собрал значительную сумму денег.
В 1855 году по ходатайству московского митрополита Филарета, Св. Синод передал в ведение Александрийской патриархии московский храм св. Николая в Подкопаях, со всем его имуществом и землями, для того чтобы при нем было обустроено подворье. Храм был освящен в конце того же года, а патриарх Иерофей прислал для него части Креста Господня и святые мощи.
После смерти Иерофея II его приемником был избран Фессалоникийский митрополит Каллиник (1858 – 1861 гг.). При этом патриархе обсуждался вопрос о союзе православной и коптской Александрийских Церквей. В 1861 году патриарх Каллиник, будучи не удовлетворен своим положением, уехал в свой родной город Елассон, оставив в Александрии для управления Церковью своего архимандрита Евгения Данкоса из Ксиропотамского монастыря на Афоне. Клирики и миряне побудили Каллиника отказаться от престола. Он скончался в Мителене в июле 1889 года.
Евгений Данкос провозгласил себя Александрийским патриархом, но вскоре его низвергли и обратились к Константинопольской Церкви с просьбой дать им нового патриарха. По ходатайству Иерусалимского патриарха Кирилла II, на александрийскую кафедру был избран Иаков II Панкостас (1861 – 1865 гг.), родом с острова Патмос, бывший кизический митрополит. В целом его патриаршество было неблагополучно. Прибыв в Египет, он встретил здесь недовольство со стороны приверженцев Евгения Ксиропотамского и раздоры в среде местных кинотов. Летом 1865 года он отправился в Константинополь по делам престола и, возвращаясь зимой, заехал на остров Патмос, где внезапно скончался 30 декабря того же года.
После смерти блаженнейшего Иакова на патриарший престол был избран Фиваидский митрополит Никанор (1866 – 1867 гг.), который в течение семнадцати лет жил в России в качестве представителя Александрийского патриархата. Но, будучи уже в преклонных летах митрополит Никанор почти принужденно и против воли занял патриарший престол, а уже через год удалился в монастырь св. Саввы, где и скончался 25 декабря 1869 года. Одним из важных свершений, принадлежавших этому святителю, было подписание нового Положения, согласно которому Церковь управлялась Патриархом и 4 членами Синода, между которыми распределялись 5 частей составной печати Патриархата. В случае вдовства какой-либо кафедры ее общины избирали кандидата в епископы, а Патриарх утверждал это избрание; любой вопрос, касающийся Александрийского престола, решался общим собранием членов Синода и представителей общин под председательством Патриарха. Подписание данного Положения должно было предшествовать восшествию на Александрийский престол каждого нового Патриарха.
В марте 1869 года Патриархом был избран Нил, митрополит Пентапольский. Но Константинопольский Патриарх Григорий VI потребовал, чтобы он отказался от кафедры, так как его избрание состоялось без согласия Константинополькой Церкви, которой Нил, как монах Есфигменского афонского монастыря, должен был подчиняться. Нил ответил отказом. Его избрание признали законным Патриархи Антиохийский Иерофей и Иерусалимский Кирилл II.
В феврале 1870 года египетское правительство приказало клиру и мирянам произвести новое избрание патриарха. В июне 1870 года Александрийским патриархом был избран бывший Константинопольский Софроний III, живший в то время на покое на острове Принкипо. Он патриаршествовал в Александрии с именем Софрония IV (1870 – 1899 гг.). Заслуги этого патриарха очень значительны. Прежде всего, он умиротворил Александрийскую Церковь. Авторитет и влияние, которым он пользовался на греческом востоке, создали ему редкое уважение в народе. Святитель активно заботился о благоустройстве греческих кинотов Египта, о постройке храмов и школ, о просвещении клира, составил новое Положение о церковном управлении из 32 статей и подал его на утверждение египетскому правительству в 1874. Этим положением предусматривалось участие в избрании Патриарха представителей всех православных общин Египта, а также легальных профсоюзов Каира и Александрии, врачей, ученых, адвокатов. Правда, это Положение так и не было утверждено. Патриарх Софроний участвовал в Константинопольском Соборе по вопросу о болгарской схизме (1872). Активное участие Патриарх Софроний принимал в деле по поводу румынских имений греческих монастырей, которые князь Александр Куза конфисковал в пользу нового Румынского государства.
Согласно статьям Закона 1863 года предусматривалось изъятие у греческих игуменов всех украшений, книг, священных сосудов и документов на право владения монастырями, многие из которых были закрыты или перешли в юрисдикцию Румынской Церкви, провозгласившей в 1865 г. автокефалию. Таким образом, румынское правительство, подвергнув в 1863 году секвестру все доходы с этих имений, в 1876 году заговорило уже о своем праве владения имениями. Восточные патриархи, во главе с Софронием, подали записку Берлинскому конгрессу 1878 года, в которой изложили ситуацию. В 1885 году патриарх Софроний сделал через греческого посла при берлинском дворе запрос в коллегию юридического факультета Берлинского университета о правах святых мест в отношении к греческим монастырям, находящимся в Дунайском регионе и конфискованным румынским правительством. Берлинские юристы ответили, что собственником румынских преклоненных имений должны быть восточные патриархи. Свой долгий путь (60 лет архиерейства) патриарх Софроний окончил 22 августа 1899 г., оставив о себе лишь светлые воспоминания и благодарность православных Египта.
Преемником Софрония IV был избран назаретский митрополит Фотий Пероглу (1900 - 1925 гг.). Он родился в 1853 г. в Константинополе, учился в богословской школе Святого Креста в Иерусалиме, а по окончании образования состоял секретарем Иерусалимского патриарха Иерофея и принимал активное участие в делах Иерусалимской Церкви. В 1881 г. он был возведен в сан архимандрита, а в следующем году, после кончины Патриарха Иерофея, был избран на Иерусалимский патриарший престол, однако его не утвердил султан. В течение 1884 – 1889 гг. Фотий жил на Синае и занимался здесь учеными трудами. В 1897 г. избран архиепископом Филадельфийским и Назаретским (1898 г.).
Его избрание на Александрийскую кафедру состоялось 10 января 1900 г. Патриарх Фотий умело вел дела Церкви: строил храмы, учебные и благотворительные заведения, основал типографию, учредил греческие общества, открыл Патриарший музей и Александрийскую библиотеку. В его правление была восстановлена Птолемаидская митрополия (1901г.). В результате административной реформы территория Патриархата была разделена на 7 епархий, помимо Каира и Александрии).
