В 1991-1993гг. о. Иоанникий был настоятелем монастыря Савина в г. Герцег-Нови, а потом был назначен наместником Цетиньского монастыря и преподавателем Цетиньской семинарии свт. Петра Цетиньского. В 1995г. стал протосингелом и исполняющим обязанности ректора Цетиньской семинарии.
14 мая 1999г., на заседании Священного Архиерейского собора Сербской Православной Церкви, избран епископом Будимлянским, викарием митрополита Черногорско-Приморского Амфилохия (Радовича) с утверждением в должности ректора Цетиньской семинарии. Епископская хиротония совершена Патриархом Сербским Павлом 3 июня 1999г. в Цетиньском монастыре.
В апреле 2001г. владыка Иоанникий с группой цетиньских семинаристов посетил Россию, где 17.04.2001г. в Свято-Даниловом монастыре был принят Патриархом Московским и всея Руси Алексием II, а 19.04.2001г., в четверг Светлой седмицы, служил литургию в церкви прп. Сергия Радонежского в Троице-Сергиевой Лавре. Архиерейский собор Сербской Церкви в мае 2001г. принял решение о восстановлении Будимлянско-Никшичской епархии, а владыка Иоанникий был избран её администратором, а спустя год – и епархиальным архиереем, 23-им по очереди. 4 августа 2002г. в монастыре Джурджеви Супови была совершена интронизация владыки Иоанникия.
Будимлянско-Никшичская епархия охватывает более половины (северную часть) территории Черногории, выделенную из канонической территории Черногорско-Приморской митрополии, и около 40 % ее населения, из которых 60 % православных, а 40 % мусульман. Резиденция епископа находится в монастыре Джурджеви Ступови (Георгиевские столбы) близ г. Беране, но также есть резиденция и в самом крупном городе епархии – Никшиче.