В алтаре под престолом существует отверстие, соединяющее храм с подземной пещерой, в которую спускаются с северной стороны алтаря. Здесь росло то древо, из которого был изготовлен Крест для распятия Иисуса Христа. Древнее предание рассказывает о насаждении здесь Лотом трех саженцев — сосны, кипариса и кедра, проросших в "тресоставное" древо, вознесшее на себе страдальческое тело Искупителя мира. Это апокрифическое предание и послужило поводом учреждения здесь обители, наименованной "монастырем Честного Креста".
Основание монастыря восходит ко временам Константина Великого. Согласно грузинским летописям, некая пленница Наина или Нонна испросила у Константина Великого через принца Иверско-го (Грузинского) Мириана позволение построить церковь на месте, где было срублено дерево для св. Креста Господня.
Во времена крестоносцев монастырь Святого Креста назывался обителью Иверскою. В 1305 г. мусульмане овладели монастырем и обратили его в мечеть. Царь Иверский Баграт восстановил монастырь и возвратил опять иверцам. В 1527 г. Иверские цари Давид и Лев, заключившие союз с мусульманами против египетских султанов, получили позволение возобновить многие священные места в Иерусалиме и, между прочим, монастырь Честного Креста. Наконец, в 1644 г. последовало окончательное восстановление монастыря царем Львом Татианом. Но грузинские монахи, издержав монастырскую казну на поддержание обители, вынуждены были продать ее заимодавцам. Этим обстоятельством воспользовался Иерусалимский Патриарх Досифей: собрав необходимую сумму для уплаты требуемых долгов, он, на основании давних султанских указов, приобрел монастырь Святого Креста в собственность греков.
В настоящее время в монастыре устроен музей истории
православия на Святой Земле. Братии насчитывается около 10
человек.