Иоанн уже два года нес пастырское служение в Антиохии, и вдруг в городе вспыхнул мятеж. Император Феодосий решил устроить большие торжества, однако, чтобы не обременять государственной казны, задумал обложить сбором богатые города империи. Этот императорский эдикт о налоге всколыхнул всю Антиохию. Подстрекаемая хулиганами, толпа разбила императорские статуи. Это было не просто открытым неповиновением, но и прямым оскорблением императора.
Совершив это преступление, народ опомнился и в страхе затаился, ожидая самого сурового мщения. Престарелый епископ Флавиан, переживая за свой народ, поспешил, опережая официальных гонцов, в столицу, чтобы умолять государя о прощении города и мятежников. С приунывшей антиохийской паствой остался пресвитер Иоанн.
Начиная с субботы сырной седмицы в течение всего Великого поста, изо дня в день он утешал и назидал народ, с трепетом собравшийся в церкви. Под руководством мудрого священника время Великого поста стало для народа временем покаяния и духовного перерождения. Самоотверженное ходатайство за провинившихся епископа Флавиана убедило императора в необходимости простить город, и на Пасху святитель привез народу эту радостную весть.