После того как одна безуспешная попытка взять Златоуста под стражу закончилась кровопролитием, омрачившим светлый праздник Воскресения Христова, народ встал на охрану своего святителя.
Между тем после праздника Пятидесятницы, в середине июня, император, подстрекаемый прежними недругами Златоуста, приказал войскам осадить храм Святой Софии и архиерейский дом, чтобы арестовать его. Желая предотвратить народные волнения, Златоуст решил добровольно уйти в изгнание. Святитель Иоанн и некоторые из близких ему епископов и клириков встали на молитву в храме. После, прощаясь со священнослужителями и верными ему диаконисами, он убеждал их подчиниться тому, кто по избранию вместо него будет возведен на Константинопольский престол. Затем святитель тайно от народа, теснившегося у церковных врат, покинул церковь задними дверями и отдался в руки солдат.
«Ангел Церкви, — писал сподвижник Златоуста епископ Палладий, — ушел вместе с ним».