Примечательно, что Собор Русской Православной Церкви, а с ним и государь Феодор Алексеевич, предписывали относиться к людям, живущим на недавно включенных в состав России землях, как к своим братьям, отвергая всякую попытку насилия в деле евангельской проповеди. Возглавил Даурскую миссию, в составе которой было двенадцать человек, игумен Феодосий, один из основателей Санаксарского Богородице-Рождественского монастыря, человек высокодуховной жизни. Кроме него в Забайкалье отправились иеромонах (впоследствии игумен) Макарий, иеродиакон (впоследствии архимандрит) Мисаил, иеромонах Серафим, два иеромонаха Иосифа, иеродиакон Трифиллий, монашествующие Зосима, Иона, Тихон, Филарет, Иоасаф. Первые миссионеры, призванные благовествовать жителям Забайкалья истинную православную веру, получили от государя и царицы богатые дары, среди которых, вероятно, наибольшую ценность представлял святой крест «сребропозлащенный» с частицами Животворящего древа Креста Господня и мощами многих святых. Также в дар Даурской миссии были преподнесены драгоценные ризы, богато украшенное Евангелие и многое другое. Миссионерам было велено основать на Селенге, в том месте, которое они сами сочтут удобным, монастырь во славу Живоначальной Троицы.
Основанный по благословению самого Патриарха и являвшийся резиденцией главы Даурской духовной миссии, Свято-Троицкий монастырь на протяжении длительного времени подчинялся непосредственно митрополиту Тобольскому. В последующем, по мнению ряда историков, он не находился в ведении Иркутской епархии и оставался на особом положении, напоминавшем ставропигию (вплоть до конца XVIII века). Такое привилегированное положение обители в значительной степени объяснялось ее тесной связью с Духовной миссией в Китае, которая одновременно выполняла также и дипломатические функции.
Служение первых православных миссионеров на Забайкальской земле отнюдь не было легким. В монастырском синодике, на основании которого были восстановлены имена членов Даурской миссии, иеромонах Серафим и монах Иоасаф значатся убиенными. Мы не можем, конечно, точно сказать, где и при каких обстоятельствах они погибли, однако вполне возможно, что отец Серафим и отец Иоасаф были мучениками, пострадавшими Христа ради от рук язычников. Ныне это знает только Бог!
Основой монастырского хозяйства, с необходимостью устройства которого братия столкнулась сразу по прибытии в Забайкалье, стали богатые природные ресурсы, и прежде всего байкальская рыба. Рыболовные угодья на Байкале тогда уже были известны русским людям, однако до прибытия сюда членов Даурской миссии никто на них свои права не заявлял, и потому с момента основания монастыря и до его разгрома, начавшегося после октябрьского переворота, байкальская рыба была одним из основных источников материальных средств для монашествующей братии. Кроме того, земли вокруг монастыря были свободными, что создавало возможность для развития земледелия, столь необходимого тогда Забайкалью.
После игумена Феодосия настоятелем Свято-Троицкого Селенгинского монастыря стал отец Мисаил (Трусов) – один из уникальнейших церковных деятелей Забайкалья. Будучи «закащиком» Даурской десятины (то есть благочинным Забайкальского благочиния, по нынешней терминологии), он наблюдал за церковными делами на огромной территории, равной по площади нескольким европейским государствам (примерно территория трех Германий). Круг его обязанностей был самым широким: миссионерство, наблюдение за порядком в церквях, подбор ставленников во священники и т. п. Служение почти постоянно проходило в дороге.
О высоте духовной жизни отца Мисаила (возведенного впоследствии в сан архимандрита) говорит то, что он, по имеющимся сведениям, был духовником святителя Иннокентия (Кульчицкого, + 1731 г.), впоследствии епископа Иркутского. Будучи назначен епископом для Духовной миссии в Китае, святитель Иннокентий не был пропущен маньчжурскими властями на китайскую территорию. Около пяти лет вынужденного ожидания он провел в Свято-Троицком Селенгинском монастыре, после чего был назначен на только что учрежденную Иркутскую кафедру.
Архимандрит Мисаил, один из «братов», прибывших с миссионерской целью в Забайкалье, долгое время не мог добиться того, чтобы его отпустили на покой. И лишь когда ему исполнилось 106 лет, его прошение было удовлетворено. Остаток дней он провел, вероятно, в Свято-Троицком Селенгинском монастыре.
В XIX столетии православное миссионерство в Забайкалье вновь оживает, однако теперь центром новой миссии, именуемой теперь уже Забайкальской, стал Спасо-Преображенский Посольский монастырь. Бывшее подворье Свято-Троицкого Селенгинского монастыря – Посольская обитель стала к этому времени уже одним из самых развитых забайкальских монастырей (что, среди прочего, было вызвано и его особым положением на пересечении транспортных путей из Прибайкалья в Забайкалье и далее). Тем не менее викарные епископы, возглавлявшие миссию, имели титул Селенгинских. Обитель продолжала действовать до 1920 года. История ее закрытия не вполне ясна; известно лишь, что после ликвидации монастыря какое-то время Свято-Троицкий храм продолжал действовать как приходской (закрыт, судя по имеющимся данным, в конце 20-х гг.) После того как монастырь был разорен, там была размещена исправительная колония, находившаяся в монастырских стенах до 1926 года, после чего ее сменила психиатрическая больница, остававшаяся там де-факто до 2005 года.
В 1961 году монастырский комплекс получил статус исторического и архитектурного памятника. Это помогло сохранить то, что к тому моменту еще не было разрушено. И лишь в середине 1990-х годов в селе Троицком был зарегистрирован приход, и верующим была передана часть надвратного Михайло-Архангельского храма. Богослужение совершалось периодически приезжавшими священниками.
25 декабря 2000 года президент Республики Бурятии подписал распоряжение о переводе психиатрической лечебницы за пределы монастырского комплекса. Решение это выполнялось на протяжении пяти лет; постепенно один за другим передавались монастырские здания в ведение Забайкальской епархии. Охраняли и поддерживали в порядке их послушники, посылавшиеся для этой цели из Посольского Спасо-Преображенского монастыря, возрожденного в апреле 2000 года.
Осень 2005 года также была отмечена очень важным событием: святитель Иннокентий Иркутский вновь посетил обитель, в которой некогда провел несколько лет земной жизни. Его святые мощи были привезены в возрождающийся монастырь, что стало великим утешением для братии и паломников обители.
26 декабря 2006 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение возродить старейший монастырь на восточном берегу Байкала – Свято-Троицкую Селенгинскую обитель.
В настоящий момент силами братии, пока еще относительно немногочисленной (один иеромонах-наместник о. Алексий (Ермолаев), один иеродиакон да полтора десятка послушников), возрождается в обители монашеская жизнь. С первого августа 2006 года совершается полный круг богослужений, ежедневно совершаются крестные ходы вокруг монастыря. А 27 августа впервые за более чем восемьдесят лет в стенах обители были крещены полным погружением семь человек.
Главный храм обители – Свято-Троицкий, который пребывал в крайнем запустении, милостью Божией и благодаря самоотверженным трудам братии и помощи доброжелателей монастыря удалось отремонтировать к празднику усекновения главы святого Иоанна Предтечи (11 сентября), как и планировалось. В этот же день состоялся крестный ход от обители к располагающейся неподалеку горе (в семи километрах от монастыря), где некогда был явлен чудотворный образ святого Иоанна Предтечи. Традиция этого крестного хода имеет двухсотлетнюю историю, и его возрождение стало также видимым символом воскресения старейшего забайкальского монастыря.
Однако нерешенными остаются еще очень многие проблемы. Большинство монастырских зданий сильно пострадало за время советского хозяйствования. В срочной реставрации нуждается Михайло-Архангельский надвратный монастырский храм. Необходимо продолжение реставрационных работ и в Свято-Троицкой церкви. И если в ближайшее время они не будут проведены, то мы рискуем навсегда утерять и храмы обители, и те памятники архитектуры, которые есть в ее пределах.
Кроме того, в негодность пришли и те новостройки, которые использовались психиатрической больницей. Вся территория монастыря изрыта помойными и выгребными ямами; к тому же существует нужда и в дезинфекционных работах, так как пациентами больницы были туберкулезные больные. Есть также множество нерешенных хозяйственно-административных вопросов.
Остается надеяться, что по милости Божией общественность Забайкалья и всей России отнесется со вниманием к нуждам одного из старейших монастырей на востоке нашего отечества.