Ириней (10/2 1892 – 3/18 1981), митрополит. Рукоположен в епископа Токийского в Нью-Йорке. В 1954 г. прибыл в Японию. Возродил Японскую Церковь, восстановив семинарию и публикуя материалы о евангелической деятельности. Прослужив около шести лет в стране, вернулся в США. В 1965 г. стал предстоятелем Православной Церкви в Америке.
Владимир, митрополит. Родился в Пенсильвании, США. В 1961 г. окончил Свято-Владимирскую православную семинарию. Первоначально служил иеромонахом в Ситке, Аляска. В 1962 г. рукоположен во епископа Киото. Стал первым предстоятелем Японской Православной Церкви в 1970 г., когда Московским Патриархатом была дарована Церкви автокефалия. Однако уже в следующем году заболел и принужден был вернуться в США.
Феодосий, митрополит. Родился 3 апреля 1935 года. Закончил Токийскую православную богословскую семинарию в 1958. Был рукоположен во священника Митрополитом Иринеем в 1959. 26 октября 1964 года был пострижен в монашество митрополитом Владимиром. Хиротонисан во епископа Киотоского митрополитом Владимиром и архиепископом Иоанном Сан-Францискским. Избран предстоятелем Японской Церкви 19 марта 1972 года.
Митрополит Феодосий немедленно занялся обновлением церковной жизни, дав новый импульс семинарскому образованию и способствуя укреплению связей между приходами. Первые десять лет его пастырской деятельности были посвящены реорганизации церковной структуры и активизации церковной жизни. Он также обеспечил финансовое положение Церкви.
Когда Японская Церковь в полной мере восстановилась, началась реставрация кафедрального собора Воскресения Христова. Собор – главный храм среди 150 православных общин и церквей в Японии, кроме того это и национальный памятник. Ввиду столетия со дня его возведения Японская Церковь и правительство решили обновить его полностью. Митрополит Феодосий возглавил комитет по его восстановлению. Более шести лет продолжалась реставрация собора. Завершение работ праздновалось в 1998 году. 7 мая 1999 года митрополит Феодосий отошел ко Господу.
Даниил, митрополит. С 14 мая 2000 года – предстоятель Японской Автономной Православной Церкви.