В 1921 году коммунисты захватили власть в Кутаиси. Они посчитали преподобного неблагонадежным и арестовали его. Но по воле Божией он был освобожден за недостаточностью улик. В это безбожное время для клириков и монахов монастыря Гелати каждый день проходил в ожидании поругания и притеснений. Но, несмотря ни на что, стойкий отец Эквтиме продолжал свои труды по собиранию древних песнопений. Им было найдено свыше сотни древних песнопений для последующей публикации в западной нотной транскрипции.
В 1924 году коммунисты разрушили собор царя Давида Строителя в Кутаиси. В этом же году они расстреляли митрополита Кутаис-Гаенатского Назария и служивших с ним клириков. Начались преследования верующих и людей Церкви. Отец Эквтиме решил покинуть монастырь Гелати и, взяв с собой рукописи, с которыми он работал, отправился в более безопасное место. Тогда на дороге, ведшей из Кутаиси в Тбилиси, были убиты тысячи путешественников, но отец Эквтиме успешно добрался до Мцхеты, что неподалеку от Тбилиси, и привез целую повозку рукописей. Манускрипты были помещены на хранение в собор Светицховели, а отец Эквтиме назначен настоятелем этого храма. В 1925 году католикос Амвросий был брошен в тюрьму в Метехи, гонения на духовенство в Грузии приняли невиданный размах. В это смутное время отец Эквтиме продолжал свою работу по изучению древних рукописей и переводу песнопений с древней невменной нотации в современную нотную. При этом преподобный нес служение духовника монахинь монастыря Самтавро, расположенного недалеко от Светицховели.
В 1929 году отец Эквтиме был переведен в монастырь Зедазени за пределами Мцхеты. Он перевез древние рукописи в свой новый дом, вложил их в металлические футляры и закопал в землю. Шесть лет спустя, в ноябре 1935 года, он передал тридцать четыре сборника, включающие 5532 песнопения и несколько богословских рукописей, в Грузинский национальный музей.
Во время Второй мировой войны жизнь в грузинских монастырях была особенно трудной. Однажды настоятель монастыря Зедазени архимандрит Михаил (Мандария), отправившийся в Сагурамо за провизией для монастыря, не успел вернуться до наступления комендантского часа и был застрелен коммунистами. Немного позже молодого монаха Парфения (Артсиаури) арестовали по ложному обвинению. А вскоре преставился старец Саввы (Пулариани). Отец Эквтиме остался единственным монахом в монастыре. Духовные дети отца Эквтиме, монахини монастыря Самтавро заботились о нем, уже старике. Зимой 1944 года монахиня Зоиль (Двалишвили) и несколько сестер направились в Зедазени, чтобы навестить старца. Они нашли его лежащим в изнеможении на кровати. Спустя некоторое время преподобный предал свою душу в руки Господа.
Отец Эквтиме был похоронен во дворе монастыря Зедазени,
недалеко от алтаря. Часть его богатой библиотеки была
перевезена в Самтавро. Некоторые из рукописей,
собственноручно им написанные, – перевод древних
напевов в нотолинейную нотацию, до сих пор находятся там.
Древняя школа грузинских распевов во многом сохранилась
благодаря бесстрашным трудам игумена Эквтиме. Святой
Эквтиме (Кереселидзе) так же, как и святой Эквтиме
Афонский, в честь которого он был назван, посвятил всю
свою жизнь Матери-Церкви. Как и святой Эквтиме Такаишвили,
«человек Божий», он употребил все свои таланты
и энергию на сохранение уникального духовного наследия
Грузии. Он был монахом-аскетом и ученым, который
непрестанно молился. С самой юности преподобный Эквтиме
был образцом целомудрия, смирения и терпения. 18 сентября
2003 года Священный Синод Грузинской Православной Церкви
причислил игумена Эквтиме (Кереселидзе) к лику святых.
Синод постановил наименовать святого преподобный Эквтиме
Исповедник, подчеркивая его исповедание веры, а также
ведущую роль в сохранении великого наследия национального
богослужебного пения.