В 1955 году, под Лазареву субботу, отец Иоанн приехал в Псково-Печерский монастырь. Его сопровождал друг по академии, Константин Нечаев.
Епископ Иоанн (Разумов), знавший отца Иоанна еще по Троице-Сергиевой лавре, определил его в причт псковского Троицкого собора, где, по выражению батюшки, собрался «букет моей бабушки» — отец Всеволод (Баталин), сам отец Иоанн и староста, тоже Иоанн, — все трое только что вернулись из заключения. По душе пришлись псковичам энергичные и любвеобильные священники. Без устали работая сами, они собрали вокруг себя помощников, поновляя не только собор, но и души своих прихожан. К сожалению, это бросалось в глаза не только доброжелателям. И снова, как некогда, отец Иоанн получил известие от своего духовного отца, игумена Иоанна (Соколова), тот предупреждал, что на батюшку заведено новое дело: «Мы молимся, чтоб оно не имело хода, но ты из Пскова исчезни», — писал прозорливый старец, сам проведший большую часть жизни в тюрьмах и в психиатрических больницах. И в одночасье отцу Всеволоду и отцу Иоанну пришлось уехать. Даже объяснить прихожанам причину столь поспешного бегства было нельзя.
Впоследствии батюшка говорил: «Вот теперь, к концу жизненного пути, свидетельствую я, что лучшего и вернейшего пути нет, как жить по воле Божией. А волю Божию нам так ясно являют обстоятельства жизни».