Абитуриентов принимают семь профильных кафедр Общецерковной аспирантуры и докторантуры, охватывающих все предметные области церковной науки. Соискателям подбираются лучшие специалисты для ведения научного руководства. Аспиранты и докторанты имеют возможность присутствовать на лекциях ведущих богословов и светских ученых России и зарубежных стран. Оказывается содействие в доступе к источникам, в публикации результатов исследований в ведущих научных изданиях, получении грантовой поддержки. Учащиеся могут направляться для языковой практики за рубеж.