С 30 января 1897 иеромонах Варлаам (Коноплев) стал настоятелем Белогорского Николаевского монастыря в Пермской губернии. За первое десятилетие своего существования число насельников Белогорской обители увеличилось с 12 до 400. Уклад монастырской жизни был довольно строг. Вставали в четыре часа утра. Будил поначалу всю братию сам отец Варлаам. Он сам читал и пел на клиросе.
"Мир здесь другой, — говорили об обители, — почти беспрерывно совершается служба, все по уставу, без всяких пропусков, без всяких заминок. Божия служба на Белой Горе так поставлена, как нигде в наших ближних и дальних пределах... Здесь, в обители, всегда с должным усердием неустанно о том говорят, как нужно души спасать, как бороться с грехом, как готовить себя к жизни святой и блаженной... Отцы Белогорского монастыря призывают паломников к постоянному бодрствованию, к постоянной борьбе с темной силой. Они умоляют нас иметь чистое сердце и спасаться в Церкви Христовой святой, православной, принимать Тайны Святые, быть со священством, от Бога поставленным".
Один паломник-инок вспоминал: "Уставная служба в храмах монастыря отличалась торжественностью и глубокой умилительностью. Схимники с детскими незлобивыми лицами имели в храме свои формы, молодые иноки стояли на хорах, а частью — внизу. После вечернего правила в храме свечи гасились, и вся иноческая рать, человек в пятьсот, едва шелестя мантиями, двигалась по направлению к раке с частицами мощей. Затем раздавалось мощное пение молитвы "Достойно есть" афонским распевом. При звуках молитвенного ублажения Божией Матери хотелось плакать. Какие-то светлые чувства широкой волной втеснялись в душу, и думалось: "Как, вероятно, в эти минуты трепещет сатана и ненавидит поющих монахов".
В нем удивительно сочетались сильный характер и простота, ласка, сердечность и детское незлобие, строгость к себе и снисходительность к другим. Терпеливо переносил он встречавшиеся в жизни братства трудности, с полной готовностью прощал вину согрешившим, выговоры делал смиренно и часто со слезами на глазах. "Когда он поучает, то говорит тихо, смиренно, как бы умоляя того, к кому обращается; когда обнимает виновного, слезы текут из его глаз. Он служит примером человека, отдавшего Богу все существо, примером трудолюбия, терпения, всепрощения", — писали о нем в "Пермских епархиальных ведомостях".
Личность настоятеля, его опытность в духовной жизни, особый аскетизм и совершенно детское незлобие привлекали в обитель множество богомольцев. К святому стекался народ со всей Пермской губернии, приходили даже инородцы из глухого Закамского края. "Отец Варлаам — руководитель совести, — писал современник, — это лицо, которому поручают себя люди — миряне, так же, как монахи, ищущие спасения и сознающие свою немощь. Кроме того, к о. Варлааму, как вдохновенному руководителю, обращаются верующие в трудном положении, в скорбях, в часы, когда не знают, что делать, и просят по вере указания... Каждый, приходя к о. Варлааму, выносит сильное незабвенное впечатление: в нем есть неотразимая сила".
Архимандрит Варлаам (Коноплев) был членом Священного Собора Российской Православной Церкви 1917–1918 по избранию от монашествующих. В октябре 1917 вернулся в Белогорскую обитель и сложил с себя полномочия члена Собора.
В начале 1918 жертвами красного террора стали представители духовенства. Архимандрит Варлаам не сомневался, что насильственная смерть не минует и его. Он готовился к смерти сам и укреплял братию.
30 июля 1918 трагические события докатились и до Белой горы. Пригласив якобы на собрание в село Юго-Осокино (ныне село Калинино Кунгурского района), большевики арестовали архимандрита Варлаама. Последние слова обреченного на смерть, связанного белогорского настоятеля прозвучали с телеги, увозившей его из родного села, и были обращены к тем, кто с плачем бежали за ним: "Не бойтесь убивающих тело, душу же не могущих погубить".
Он был отправлен в город Осу и, зверски замученный большевиками, брошен в Каму. Это случилось 25 августа 1918.
После расправы над настоятелем большевики занялись ликвидацией обители. Репрессии братии сопровождались грабежом монастыря.
Многие монахи Белогорского Свято-Николаевского монастыря после зверских пыток были убиты. Мученическую кончину приняли: преподобномученик Александр, послушник; преподобномученик Алексий (Коротков), послушник; священномученик Антоний (Арапов), иеромонах; преподобномученик Аркадий, инок; преподобномученик Варнава, инок; священномученик Виссарион, иеродиакон, инок; священномученик Вячеслав, иеромонах; преподобномученик Гермоген, инок; преподобномученик Димитрий, инок; священномученик Евфимий (Коротков), иеродиакон, инок; преподобномученик Евфимий, инок; преподобномученик Иаков, послушник; преподобномученик Иаков (другой), послушник; священномученик Илия, иеромонах; священномученик Иоанн, иеромонах; преподобномученик Иоанн, послушник; священномученик Иоасаф, иеромонах; преподобномученик Маркелл, инок; священномученик Матфей, иеродиакон, инок; священномученик Михей, иеродиакон, инок; преподобномученик Петр, послушник; преподобномученик Петр (другой), послушник; преподобномученик Савва, инок; священномученик Сергий (Вершинин), иеромонах; преподобномученик Сергий, послушник; преподобномученик Феодор, послушник.
Могилы мучеников были скрыты властями, и место их нахождения неизвестно.
В 1998 преподобномученика архимандрита Варлаама (Коноплева), первого настоятеля и устроителя Белогорского монастыря, и иже с ним убиенную братию Белогорской обители прославили как местночтимых святых Пермской епархии.
На Юбилейном Архиерейском соборе Русской Православной Церкви в августе 2000 белогорские мученики причислены к лику святых новомучеников и исповедников российских для общецерковного почитания.