Как известно, церковь построена на месте торжественной (или покаянной) встречи в Москве св. мощей митрополита Филиппа, перенесенных в стольный град из Соловецкого монастыря в июле 1652 году. Само место было очень символичным для этого события.
В глубокой древности, у самых истоков московской истории здесь, лесом проходила проезжая дорога из Владимира в Киев, по которой на великое княжение ехал сам князь Юрий Долгорукий, Тогда-то, в 1156 году он и повелел поставить в Москве на Бору небольшое деревянное укрепление – острожец, позднее названный Кремлем.
А где-то здесь поблизости лежало одно из сел боярина Кучки. Местность эта, по-видимому, одна из древнейших в Москве. Недаром именно здесь появилась и самая древняя ныне в Москве (за пределами Кремля) церковь во имя св. Трифона появилась именно в этой местности.
А в XIV веке здесь пролегла главная дорога в Троице-Сергиеву Лавру, отчего она и называлась Троицкой. И уже в старину Троицкая дорога стала очень многолюдным и бойким местом. По ней богомольцы и ездили и часто ходили из Москвы пешком. Богомольный люд делился на несколько категорий: "черный народ" – деревенские жители, крестьяне; "красный" – торговые люди, богатые, городские; и "белый" – "господа".
В 1395 году по этой же дороге из Владимира в Москву пронесли Владимирскую икону Божией Матери в ожидании нашествия Тамерлана – на месте ее встречи у границ города москвичи основали Сретенский монастырь.
В XVI веке, по печальному совпадению, эта же дорога вела и в Александровскую слободу, опричную резиденцию Ивана Грозного. Однако Троицкая дорога тогда вела и на Север, в Соловецкий монастырь, тесно связанный с жизнью святителя Филиппа. С того же столетия по этой дороге возили товары иностранцы и русские купцы в город Архангельск, основанный в 1584 году.
А в 1613 году у Сретенских ворот духовенство, народ и стрелецкие полки встречали прибывшего по этой же дороге из Костромы Михаила Федоровича Романова.
В 1671 году из части Троицкого тракта была устроена 1-я Мещанская улица, когда здесь возникли слободы мещан. Так назывались переселенцы из Смоленска и других белорусских городов, отвоеванных во время войны с Польшей в 1654 году: городские жители, или как тогда говорили, посадские люди, ремесленники и торговцы там носили звание мещан от польского "място", "место" – "город". Поселили их за Сретенскими воротами – будущими Сухаревскими, где им даже пожаловали свободные пахотные земли от дворцовой Напрудной слободы, на берегу москворецкого притока, речки Самотеки.
Эти мещанские слободы, приписанные к царскому дворцу, были обособлены от остальных московских поселений. Они самостоятельно управлялись своими выборными лицами, которых лично возглавлял назначенный царский наместник. Всего было 4 старых мещанских слобод, и все они вошли в историю Москвы под именами соответствующих 4-х Мещанских улиц: после революции 2-я Мещанская стала улицей Гиляровского, 3-я Мещанская – улицей Щепкина, а 4-я так и осталась просто Мещанской улицей.
И здесь, у Троицкого тракта, в июле 1652 года встречали мощи мученика святителя Филиппа, митрополита Московского. Его роль в русской истории имела огромное значение.
А затем последовали долгие уговоры царя принять сан митрополита Московского – патриаршества тогда еще не было. И в 1566 году св. Филипп согласился. Есть версия, что в том же году своего восшествия на митрополичью кафедру св. Филипп основал близ Кремля в Москве в Китай-городе знаменитую Никольскую церковь "Красный звон" с приделом во имя св. Зосимы Соловецкого – в память мирных дней своего пребывания в Соловецкой обители. И есть версия, больше похожая на легенду, что главный престол этой церкви был изначально Зосимовским, а когда святитель попал в опалу, Иван Грозный в ярости приказал переосвятить китайгородский храм, который переименовали в честь св. Николая Чудотворца. А после того, как митрополит Филипп был причислен к лику святых, то во время очередного обновления храма в конце XVII века С.Г. Нарышкин, чтя память святителя, устроил в церкви придел в честь соловецких святых Зосимы и Савватия.
Годом раньше поставления Филиппа московским митрополитом, в 1565 году вышел царский указ об учреждении опричнины, и митрополит Московский решил противостоять царю в его многочисленных казнях, пытках, и прочих злодеяниях, вредивших и людям, и государству Российскому. В 1568 году на богослужении в Успенском соборе Филипп открыто отказался благословить Ивана Грозного, смиренно подошедшего к нему.
И уже в ноябре того же года по решению струсившей Боярской думы святитель был арестован. Во время службы в Успенский собор ворвались опричники в черных одеяниях, сорвали с митрополита церковные облачения, и своими метлами вытолкали из храма, посадили на простые дровни и увезли.
Поначалу митрополит был заточен в соборе московского Богоявленского монастыря. По указу Ивана Грозного к нему пустили туда голодного медведя, но зверь не тронул святителя. А потом под строжайшей охраной опального митрополита отвезли в Тверской Отроч монастырь, где в декабре 1569 года он погиб от руки Малюты Скуратова – главный опричник задушил его подушкой.
И в Отроческом монастыре 8 августа 1584 года были обретены мощи святителя – всего через пять месяцев после смерти Иоанна Грозного. Оттуда благоговейно перенесли в его любимый Соловецкий монастырь.
А уже в 1652 году святые мощи мученика покаянно встречал царь Алексей Михайлович вместе со всем свои двором, и духовенством и москвичами. А провожал мощи в Москву из Соловецкого монастыря "собинный друг" царя, Никон, будущий патриарх.
С Троицкой мощи св. Филиппа были перенесены на Лобное место, где были выставлены на поклонение и там, на Красной площади, по преданию, от них исцелилась одна девица. Потом они были перенесены на Соборную площадь, где произошло еще одно исцеление, а затем в Успенский собор, где они стояли еще 10 дней для поклонения, и опять было множество исцелений.
Все эти десять дней в Москве звонили в колокола с утра до вечера, как на Святой Неделе. Св. мощи митрополита Филиппа были положены в раке именно на том месте, где в 1568 году его схватили опричники.
А в память о покаянной встрече у Троицкой дороги на том месте был большой дубовый крест – поначалу в древней каменной часовне, которая потом стала называться "часовня у Креста". Говорили, что эта часовня была древнее креста и стояла там с незапамятных времен. По преданию, в ней когда-то отдыхал еще сам преподобный Сергий, часто ходивший из своей обители в Москву и обратно пешком. А потом там останавливались цари, ехавшие на богомолье в Лавру.
Вскоре другой деревянный крест был поставлен отдельно и на самой заставе, получившей от него свое знаменитое старомосковское имя Крестовская (в советское время Рижская). Под этим именем она и вошла в состав Камер-Коллежского вала – таможенной границы Москвы 1742 года.
И в старину считалось обязательным идущим на богомолье прежде помолиться у московской святыни на Крестовской заставе, а потом уже идти в Лавру.
А уже в 1677 году здесь, в Мещанской слободе, появилась и первая церковь во имя святителя Филиппа, митрополита Московского. Первое время она была деревянной, но в 1691 году была перестроена в камне. А в начале 1710 году XVIII века в ней устроили придел во имя Алексея, человека Божия.
Во второй половине того же XVIII столетия было выстроена новая, ныне существующая Филипповская церковь в стиле московского классицизма, с красивой, можно даже сказать, знаменитой ротондой, дожившая до наших дней.
Традиционно считается, что строил ее Матвей Казаков в 1777-1788 г.г. Иногда, впрочем, называют имена архитектора М.Ф.Карпова и Семена Карина – того самого, который потом руководил работами по обустройству в Москве первого бульвара на месте снесеной стены Белого города, Тверского. А по мнению академика И.Грабаря, автором проекта Филипповской церкви был сам Василий Баженов.
Дело в том, что во второй половине XVIII столетия там, в Мещанской слободе, предполагалось устроить московское подворье митрополита Платона. И Филипповская церковь строилась красивой и долговечной как будущий домовый храм при этом подворье. Однако этот проект не был осуществлен, и церковь осталась обычной приходской.
В советское время церковь была закрыта, и в ней устроили склад. После революции крест с Крестовской заставы убрали, и по свидетельству знатока московской истории А.Ч.Козаржевского, передали в соседнюю Знаменскую церковь в Переяславской слободе, где он и хранился в алтаре.
Тогда же на Крестовской заставе были сломаны две знаменитые водонапорные башни Мытищинского водопровода, построенные еще в 1893 году. После строительства канала "Москва-Волга" этот водопровод стал не нужен.
А сама Крестовская застава к атеистическому празднованию 800-летия Москвы в 1947 году была переименована в Рижскую – по стоявшему на ней с 1899 года вокзалу, с которого отправлялись в тот прибалтийский город. (До революции он назывался Виндовским.)
К тому же соседний Протопоповский переулок еще в 1924 году переименовали в Безбожный, – по находившейся там редакции популярного журнала "Безбожник". Очень долгое время Филипповская церковь имела именно этот адрес.
Еще в 90-х годах в ней находился архив одного государственного учреждения, хотя само здание храма стояло на государственной охране как памятник истории и культуры. И только с 1991 года в ней начались богослужения.
Еще одна московская церковь во имя св. Филиппа была освящена как домовая в знаменитой усадьбе графини Соллогуб на Поварской улице. В Москве она известна в основном как "дом Ростовых", где Лев Толстой "поселил" героев эпопеи "Война и Мир".
Менее известно другое: эта легендарная усадьба, построенная в 1802 году для князя А.Н. Долгорукого, впоследствии перешла от его семьи к баронам Боде-Колычевым – потомкам святителя Филиппа Колычева. Они и пристроили в 1856 году к усадьбе небольшую домовую церковь во имя святителя, и собрали в нее ценные древние иконы. Потом усадьба вновь сменила своих владельцев и до самой революции принадлежала графине Соллогуб.
Церковь была закрыта вскоре после революции в 1918–1920 годах, когда в усадьбе разместился сначала дом искусств, где работала жившая по соседству в Борисоглебском переулке Марина Цветаева, потом литературный институт, а потом с 1932 года – резиденция Союза писателей СССР. Главка с крестом была сломана, а здание бывшей церкви вошло в состав основного сооружения.