В 1946 году архимандрит Агафон (Бубиц) был снят с послушания наместника Псково-Печерского монастыря и направлен священником в церковь Грузинской иконы Божией Матери в село Хохловы Горки. Но уже через год уполномоченный по делам РПЦ по Псковской области А.И. Лузин перевел его на другой, более отдаленный приход. Причиной данного решения стала активная деятельность архимандрита Агафона по открытию Никандровой пустыни.
В отчете уполномоченного за первый квартал 1948 года об этой ситуации говорится следующее:
«Настоятель Хохлово-Горской церкви архимандрит Агафон в устной форме просил меня через кого начать хлопотать разрешение на организацию монастыря, находится в Порховском районе. Раньше монастырь назывался Никандрова пустынь. По его словам, что находятся там, до изъятия, мощи до сих пор сохраняются у верующих, но адреса не указал, т.к. дал перед иконой клятву, помимо мощей у населения имеется же и церковная утварь. Я ему ответил, что это должно исходить от Митрополита Григория, что вряд ли это можно осуществится, т.к. сейчас трудно набирать людей, желающих поступать в монастырь…»1.
Несмотря на отказ уполномоченного открыть Никандрову пустынь, архимандрит Агафон начал проводить богослужения в разоренной обители. Он добился разрешения у местных властей на проведение крестного хода к монастырю и молебна в его стенах. В своем очередном отчете за 1948 год тов. Лузин указывал, что «народу собралось около 10 тысяч… кроме этого он [архимандрит Агафон] мне заявил, что мощи Никандра при изъятии в 1920 году были Монахами украдены и зарыты под алтарем церкви, где они и лежать до настоящего времени. Я предложил Бубиц об этом не распространять этот слух, а в то же время… добился перевода Бубиц в другой отдаленный приход…»2.
Но перевод в более глухое место твердости архимандрита Агафона не поколебал, и он настойчиво продолжал добиваться возрождения Никандровой пустыни. В очередном отчете за 1948 год уполномоченный А.И. Лузин сообщает о новой попытке архимандрита Агафона возобновить богослужения в древней обители:
«Убедившись в почитаемости украденных мощей, стал среди верующих поговаривать об открытии монастыря Никандровой пустыни. Поскольку мужчин-монахов единицы, а женщин-монашек в области еще много, вели разговор об организации женского монастыря. Для этой цели подговорил Псковских монашек пойти к уполномоченному по делам РПЦ и узнать его мнение. В январе месяце ко мне на прием приходили две монашки, но не ставили вопрос об открытии женского монастыря именно в Никандровой пустыни, а просили вообще об открытии женского монастыря. Я им указал, что вопрос об открытии монастыря может ставить только патриарх, непосредственно перед Советом по делам РПЦ, а им рекомендовал поехать в существующие монастыри…».
Как мы знаем, эта попытка возродить монашескую жизнь в Никандровой пустыни не удалась. Но, по всей видимости, архимандрит Агафон продолжал досаждать уполномоченному по делам РПЦ по Псковской области вплоть до своей смерти. Он отошел ко Господу 6 февраля 1952 года в деревне Зародище Идрицкого района Псковской области. Этот «более отдаленный приход», как писал тов. Лузин, находился более чем в 200 километрах от Пскова.
Сегодня возрождением Никандровой пустыни занимается бывший насельник Псково-Печерского монастыря игумен Спиридон. И хотя в крестных ходах еще не участвуют десятки тысяч паломников, Никандрова пустынь живет, в ней каждый день совершается богослужение. «Невероятные мечты» архимандрита Агафона сбылись, его молитвенные прошения Господь услышал.