Церковь Иоанна Богослова в Бронной слободе на Тверском бульваре известна с 1625 года и была основана при Романовых. В ней хранилась древняя икона св. евангелиста Иоанна Богослова, подаренная еще царем Михаилом Федоровичем.
Местность названа так по находившемуся здесь в те времена старинному поселению бронников – мастеров-оружейников, изготовлявших оружие и доспехи. Позднее название "бронники" осталось лишь за теми мастерами, которые делали только броню: шлемы, кольчуги, панцири. Слобожане были богатыми, и в 1652 году "тщанием приходских людей" был возведен новый, большой и красивый, каменный храм, доживший до наших дней.
С середины XIX века район Тверского бульвара и особенно знаменитую Козиху (названную так от того, что в старину здесь паслись козы Патриаршей слободы) облюбовали себе московские студенты. Местность между обеими Бронными улицами и Палашевским переулком даже называли "Латинским кварталом" Москвы – здесь обитали бедные студенты. Они считали традиционную для студенчества Козиху "родной", и селиться на ней было для них делом чести. По левой стороне улицы Малой Бронной стояли бывшие дома Гирша с дешевыми квартирами в наем, которые снимали студенты (сохранился дом №13). На Большой Бронной и Козихе находились также два дома домовладельцев Чебышевых – "Чебышевская крепость" или "Чебыши" – со студенческими квартирами, как сейчас бы сказали, по типу общежитий.
В каждой комнате жили по 4 человека, порой имевшие на четверых всего по две пары сапог и платья. В одежде по очереди ходили на лекции в университет: двое сидят на Моховой и записывают лекции, двое в комнате поджидают их и готовят скромный обед, а на следующий день они менялись. Вместо чая, кстати, весьма полезного студентам, нередко пили дешевый цикорий – по воспоминаниям, одной круглой палочки хватало четверым на 10 дней.
А поскольку не всем студентам квартиры были по карману, то "бездомовники" в теплое время года ночевали прямо на Тверском бульваре. Так, что церковь Иоанна Богослова оказалась самым центром студенческой вольной жизни, кипевшей в этом районе Москвы.
Есть в столице Москве
Один шумный квартал –
Он Козихой Большой прозывается.
От зари до зари
Лишь зажгут фонари
Вереницей студенты шатаются,
А Иван Богослов
На них глядя без слов
С колокольни своей улыбается
Эту студенческую песню часто распевали в Москве. Говорят, что это был наш московский вариант песни киевского студенчества, где св. Владимир заменен св. Иоанном Богословом.
До 1884 года у студентов не было формы, и одевались они вольно, по последнему шику студенческой моды свободолюбивых 60-х годов: особо "радикальные" носили длинные волосы, широкополую шляпу, нахлобученную на глаза, плед на плечах и очки, что придавало им серьезность и солидный ученый вид. Новый университетский устав 1884 года уничтожил профессорскую автономию, удвоил плату за обучение и ввел обязательную студенческую форму: мундиры, сюртуки, пальто с гербовыми пуговицами и фуражки с синими околышами. Тогда модно стало носить непременно потертую фуражку и расстегнутый сюртук. Такая форма одежды выражала идею студенчества – вольного, удалого, отчаянного...
Между прочим, в Большом Козихинском переулке в бытность свою студентом жил сам В.О. Ключевский.
9 октября 1892 года (по новому стилю) в праздник Иоанна Богослова в Москве родилась Марина Цветаева, прожившая все детство неподалеку от этого храма в Трехпрудном переулке.
Красною кистью
Рябина зажглась.
Падали листья
Я родилась.
Спорили сотни
Колоколов
День был субботний
Иоанн Богослов.
Мне и доныне
Хочется грызть
Жаркой рябины
Красную кисть.
В этом "споре" колоколов был и голос церкви Иоанна Богослова с Тверского бульвара.
Изъятие церковных ценностей из храма в 1922 году наблюдали О.Э. Мандельштам с супругой, которая записала увиденное: "Мы вошли в церковь, и нас никто не остановил. Священник, пожилой, встрепанный, весь дрожал, и по лицу у него катились крупные слезы, когда сдирали ризы и грохали иконы прямо на пол. Проводившие изъятие вели шумную антирелигиозную пропаганду под плач старух и улюлюканье толпы, развлекавшейся невиданным зрелищем. Церковь, как известно, надстройка, и она уничтожалась вместе с прежним базисом."
В 1932 году Московский Городской камерный театр (им. Пушкина) ходатайствовал о сносе храма, но архитектор Д.П. Сухов выступил против, и тогда разрушили только церковные купола и сам барабан. Затем внутри разместились театральные мастерские, склад декораций и столярный цех.
В начале 70-х годов началась медленная реставрация храма: была исправлена колокольня и по фотографии из альбома Найденова изготовлен крест. Однако строительные работы велись с перерывами, не хватало то средств, то строителей. Рассказывали, что однажды М.А. Суслов, главный идеолог коммунистической партии, живший рядом с храмом на Большой Бронной улице, прогуливался около дома и обратил внимание на полуразрушенную церковь, которую долго реставрировали и никак не могли закончить работы. Был один его звонок в Министерство культуры – и появились и средства, и материалы, и строители. Только вмешательство Суслова ограничилось всего лишь этим одним звонком, и реставрационные работы вскоре опять "повисли".
Еще в 90-х годах здание церкви пугало своими зияющими через всю стену трещинами. Выяснилось, что в 1985 году у западной стены трапезной открыли шурф для обследования фундамента, и попавшая под основание вода привела к появлению этих глубоких трещин. Тогда казалось, что состояние храма безнадежное, хотя с 1992 года в нем возобновилось богослужение.
Церковь здесь появилась еще в 1493 году, сначала деревянная, потом каменная, неоднократно перестраивавшаяся. Нынешняя была освящена в 1837 году.
С 1934 года и по наше время в здании бывшей церкви разместился Музей истории и реконструкции Москвы. Ранее он находился в Сухаревой башне и был оттуда переведен, когда башню снесли. Были различные проекты перевода музея (к тому же из довольно тесного для него сооружения) в другие, более подходящие помещения, например, в здание Ново-Екатерининской больницы на Страстном бульваре (с переносом больницы), но пока все они не решены.