Никон был личностью богато одаренной, человеком кипучей энергии. Однако до сих пор продолжаются споры о том, на что были израсходованы эти колоссальные усилия и каковы итоги Патриаршества Никона. Историки, как светские, таки и церковные, зачастую дают ему прямо противоположные характеристики. Одни (причем, не обязательно старообрядцы) считают Никона повинным в возникновении раскола и едва ли не всех последующих бедах России вплоть до ХХ столетия. Другие, наоборот, считают Патриарха-реформатора величайшей фигурой русской истории XVII века. Некоторые вообще почитали его святым, например, архиепископ Серафим (Соболев) митрополит Антоний (Храповицкий). Такое диаметральное расхождение в оценках, безусловно, говорит о незаурядности личности Никона и сложности его реформаторской деятельности как исторического явления.
В 12 лет Никита убежал в Макарьев Желтоводский монастырь. Здесь он учился, читал, постигал богослужебный устав. Однако монахом Никита так и не стал: родня уговаривала его вернуться домой, и Никита послушался. В 20 лет он возвратился в отчий дом и по настоянию домашних женился. В 21 год он был избран прихожанами на священническое служение и стал служить в церкви села Лыскова на Волге, близ Макарьева монастыря.
Никон впервые оказался при дворе, когда преподобный Елеазар Анзерский взял его с собой в поездку в Москву, к царю Михаилу. По молитвам св. Елеазара Анзерского у Михаила Феодоровича родился долгожданный сын и наследник – будущий царь Алексей Михайлович. Благодарный государь пожертвовал средства для возведения на Анзере каменного храма. Деятельный и энергичный Никон спешил с постройкой, но простой нестяжательный Елеазар считал это роскошью и не торопился. Произошла ссора, весьма показательная для характеристики Никона: видно, сколь неуравновешенным был будущий Патриарх и как еще далеко было ему до монашеского бесстрастия. Вполне материальное по сути своей дело стало причиной его полного разрыва с духовным отцом.
В 1646 г. Кожеезерский игумен прибыл по делам монастыря в Москву. Здесь он был представлен молодому царю и так его обаял, что Алексей Михайлович определил его архимандритом в придворный Новоспасский монастырь. При новом архимандрите обитель была богато отстроена на щедрые царские пожертвования. Никоновские постройки и доныне украшают Новоспасский монастырь.
Между царем и Никоном складываются весьма дружественные отношения. Никон стал принимать челобитные и передавать их Алексею Михаловичу во время встреч, проходивших в дворцовой церкви каждую пятницу. За протекций к архимандриту стали обращаться даже бояре. Влияние Никона стремительно росло и вскоре стало огромным. Он вошел в кружок "ревнителей благочестия" (или «боголюбцев») и быстро заслонил собой других его деятелей. Вероятно, уже тогда в отношениях между Никоном и протопопами-«ревнителями», будущими вождями раскола, пролегла первая трещина.
Никон получил в Москве известность как одаренный и красноречивый оратор. Систематического образования он не получил, и кроме обыкновенной монастырской школы ничего за своей спиной не имел. Однако он был начитан, имел быстрый, светлый ум, который позволял ему решать церковные, а позднее – и государственные, вопросы. При этом Никон руководствовался в своей деятельности колоссальным масштабом и проявлял захватывающую своей неукротимостью энергию. Не удивительно, что он стал пользоваться исключительно высоким доверием у государя.
Правда, это не помешало новгородцам во время бунта изрядно намять бока митрополиту за то, что он укрыл в своем доме ненавистного царского воеводу князя Хилкова. Но Никон, невзирая на избиение, служил в храмах и призывал бунтовщиков одуматься и прекратить мятеж. Никон ходатайствовал за свою паству перед князем Хованским, присланным из Москвы во главе карательного войска, и помог кончить дело миром. За это его в равной мере возлюбили как миротворца и в Новгороде, и в Москве. Царь нередко приглашал своего любимца в Москву для совета. Приезжая в столицу, Никон весьма удивлял москвичей заведенным по киевскому образцу трехголосным пением своего хора. Однажды митрополит Новгородский удостоился похвалы от самого Патриарха Паисия Иерусалимского, что способствовало тому, что Никон стал активным приверженцем грекофильской партии.
Никон умело закреплял привязанность царя к себе и использовал ее как в целях своего возвышения, так и ради проведения в жизнь своих теократических идей. Одно от другого Никон, в общем-то, не отделял: он чувствовал себя избранником, который призван возвеличить священство над царством.
Особые симпатии царя Никон вызвал своим проектом переноса в Успенский собор Кремля мощей трех Московский Первосвятителей, ранее погребенных в иных местах: св. Патриарха Ермогена – из Чудова монастыря, св. Патриарха Иова – из Старицы и, наконец, св. Митрополита Филиппа – из Соловецкого монастыря. Митрополит Новгородский лично возглавил поездку на Соловки за мощами святителя. Он же был автором текста грамоты, написанной от имени царя Алексея Михайловича с покаянием за грех своего "деда" – Ивана Грозного. Она содержала в себе уже совершенно явные нотки новой Никоновской теократической идеологии. Здесь, например, можно было встретить такие обращенные к святителю выражения: "преклоняю пред тобою сан мой царский", "преклоняю честь моего царства", "повергаю на умоление тебя всю мою власть" и т.д.
Во время поездки на Соловки проявилась и властная натура Никона. Сопровождавшие его бояре жаловались потом на Новгородского владыку, который, не жалея себя, и от них требовал нечеловеческих усилий в этом предприятии, заставлял выстаивать все службы, класть немереное количество поклонов и проч.
За время путешествия Никона на Соловки в Москве скончался Патриарх Иосиф. Никон вернулся в столицу уже практически как преемник почившего Первосвятителя, оставалось лишь формальное избрание. Никто не сомневался, что любимец царя станет новым Предстоятелем Русской Церкви. Правда, группа протопопов из кружка "ревнителей" (в их числе – Иван Неронов, Аввакум Петров, Логгин, Даниил и прочие будущие вожди старообрядческого раскола), отпостившись целую седмицу, предложили на Патриаршество царского духовника Стефана Вонифатьева. Уже в этой затее проявились как личная неприязнь протопопов к Никону, так и амбициозность и властолюбие «боголюбцев», не желавших терять то руководящее положение в Церкви, которое они фактически узурпировали в Патриаршество оттесненного от дел Иосифа. Но Стефан отказался от чести избираться в Патриархи. Тем не менее, государь повелел составить список из 12 кандидатов, в числе которых, разумеется, был и Никон. И хотя прямых указаний от царя не поступало, участники Освященного Собора 22 июля 1652 г. выбрали на Патриаршество именно его, хорошо зная настроение Алексея Михайловича и желая ему угодить.
Уже в этом эпизоде с избранием на Патриаршество вполне проявилась та линия в идеологии Никона, которая стала для него наиболее значимой: возвышение священства над царством, усиление Патриаршества. Именно это, скорее всего, и было в жизни Никона главной целью, тогда как его знаменитые реформы явились лишь средством достижения того теократического идеала, к которому Никон стремился всем своим существом.
25 июля 1652 г. была совершена интронизация нового Патриарха, и 47-летний Никон (Минов) стал новым Предстоятелем Русской Церкви.