Сын Езекии Манассия пошел по стопам деда, а не отца. Став в двенадцать лет соправителем своего отца, а с 687 года царем, он правил пятьдесят пять лет в Иерусалиме. При нем возродились языческие мерзости. Имя его по-еврейски звучало: «Менаше», что значит: предающий забвению. Оно соответствовало характеру его правления: он предал забвению благочестие отца. Из повествования, которое делает священный писатель, следует: царствование Манассии — самая порочная эпоха Иудейского царства. Он не только восстановил все уже вводимые ранее, при нечестивых предшественниках, языческие культы, но учредил еще и новые (например, сабеизм — поклонение светилам). Жертвенники этого идолопоклонства он построил даже на обоих дворах Иерусалимского храма. Подобно Ахазу Манассия ввел в Израиле омерзительный и ужасный культ Молоха — сиро-финикийского и аммонитянского идола. Это — медная статуя с бычьей головой, человеческим туловищем и прочими человеческими членами. Он был пуст внутри, имел опущенные вниз руки. На них клали обреченных ему в жертву детей, сгоравших от пылающего снизу пламени. Местом служения этому культу была долина Енома (или Генома), откуда происходит слово «геенна». Он гадал, ворожил и завел вызывателей мертвецов и волшебников. По древнему достоверному преданию, именно при царе Манассии был умучен величайший пророк Исаия. Для сугубого мучительства использовалась деревянная пила, которою пророк был перепилен между кедровыми досками за обличение царя Манассии.
Священный писатель 4-й книги Царств повествует о правлении Манассии достаточно кратко, но из параллельного текста во 2-й книге Паралипоменон (32, 11–20) известно, что Господь наказал царя, предав его в руки ассирийцев: заковали они Манассию в кандалы и оковали его цепями, и отвели его в Вавилон (2 Пар 33, 1).
В плену Манассия раскаялся, просил у Бога прощения и был возвращен в Иудею, где старался загладить последствия тяжких своих грехов: отменил идолослужение, восстановил Иерусалим и другие города. Прочие дела Манассии, и молитва его к Богу своему, и слова прозорливцев, говоривших к нему именем Господа Бога Израилева, находятся в записях царей Израилевых (2 Пар 33, 18). По-видимому, речь идет о не дошедших до нас летописях, которые обычно составлялись при царях. Поэтому в еврейском тексте покаянная молитва Манассии не сохранилась. Она дошла до нас в греческой Библии и составляет неканоническую часть 2-й книги Паралипоменон (в 36-й главе). Молитва является выражением горячего молитвенного чувства, глубокого раскаяния в совершенных грехах и потому считается образцом покаяния. Об этом говорится в чинопоследовании Таинства исповеди: «Манассиину молитву приемый...»
Ему наследовал двадцатидвухлетний сын Аммон, который ходил путями нечестия. Через два года его убили слуги.